Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

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Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mar 17 Sep 2013 - 16:28

Bonjour,

J'ai vu, listé sur un site, les locus A, B, C, D, E, Ln, P, Si...
Mais on entend aussi parler du locus U, pour l'umbrous, etc.

Je me demandais combien de locus avait une souris (j'ai cru lirs 25 ou quelque chose comme ça mais je ne trouve plus l'info), et quelles lettres étaient attribuées à chacun (connus du moins)...

Est-ce que les marquages et les types de poils ont un locus ?
Si oui lesquels car une souris pouvant être splach et satin, j'imagine que Spl/Spl et sa/sa n'ont pas le même locus (S par ecemple (?)) mais du coup, dans quel locus se trouvent ces allèles ?

Bref :
Existe-t-il donc un locus pour la couleur, le marquage et le type de poils ?
Portent-ils les même lettres ?
Combien de locus ?
Quelles lettres ?
Locus marquage et poils ?
Qu'en est-il ?

Merci d'avance Very Happy

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Dawww le Mar 17 Sep 2013 - 17:13

Là je pense que tu devrais consulter des sites sur la biologie pour bien comprendre ce qu'est un locus, un gène, une allèle Wink

N'oublie pas que ces lettres c'est juste un modèle pour expliquer des phénomènes biologiques.

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mar 17 Sep 2013 - 17:34

J'ai lu beaucoup sur le sujet et je différencie bien les termes, mais c'est par rapport à la mise en "pratique" avec les souris...
Les allèles de marquages et de type de poils sont-ils du même "niveau" que les allèles de couleur ?
Etc.

Je pensais me procurer le livre que propose l'AFRMA sur la génétique des souris, est-ce qu'il explique ce genre de chose ?

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Dawww le Mar 17 Sep 2013 - 18:15

Au même niveau, ça n'a pas de sens, on parle de chromosome, de génome...
Je sais pas qu'elles sont tes bases en biologie.

Edit: tu devrais trouvé l'emplacement de chaque gène modifiers sur ce site : http://www.informatics.jax.org/
Je sais plus comment je l'avais trouvé.

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mar 17 Sep 2013 - 21:36

Je n'ai pas de bonnes bases de biologie, on a étudié les feuilles d'arbre à l'école mais on n'a jamais étudié les gènes xD

Donc je pense que même si je pense avoir compris le principe des chromosomes remplis de gènes formés d'allèles, je m'exprime surtout mal :Pet n'ai peut-être pas tout saisis, je ne sais pas...

En fait, par niveau je voulais dire : Est-ce que les allèles de marquage et poils utilisent les même locus ? Je pense néanmoins que non...
Je m'explique...

Les locus d'une souris agouti sont A/A B/B C/C D/D E/E  et ?
Parce que si elle est satin, elle deviendra A/A B/B C/C D/D E/E sa/sa... Le sa/sa se place dans quel locus ? Pareil pour le rx/rx, le Spl/Spl, Rw/Rw etc.
Le BM est un marquage (s/s) au même titre que le variegated (W/w) mais ils n'utilisent pas le même locus, comme les couleurs qui se "partagent" les locus A à E (Ln, P, Si et U aussi ?) ?

Est-ce qu'il y a un locus "Re" pour le rex ou est-ce que l'allèle Re est en conflis avec l'allèle Rw du rump white (comme A est en "conflit" avec Ay) ? Alors que l'un est un type de poils et l'autre un marquage...?

C'est juste ça que je ne comprends pas...

Je vais aller voir le site que tu proposes ;)voir si je comprends tout ça Razz
Merci du lien Very Happy

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Dawww le Mar 17 Sep 2013 - 21:55

Là tu me fait un gros mélange !
Si tu parles de bio, faut oublier les lettres, les loci c'est un "un emplacement physique précis et invariable sur un chromosome" (wikipédia). C'est là que se situe les différents gènes qui modifie l'aspect de la souris, ils sont "rangés" un peu partout. On leur a donné des lettres de l'alphabet qui se suivent mais ça ne veut pas dire qu'ils sont rangés à côté !

Pour que se soit abordable pour tous, les scientifique on créé un modèle en donnant des lettres à ses gènes et aux différents loci par extension. Par exemple le locus "A" où sont rangés les allèle du gène agouti, non-agouti, extreme-non-agouti, red...

Il n'y a pas de conflit possible, chaque locus abrite deux allèles du gènes, peux pas y'en avoir 3 !

Et impossible de faire la liste de tous les gènes qui modifie l'aspect des souris il y en a trop, et certains qu'on ne connait pas (pas stable, pas en Europe, seulement en labo...)

Kathe, Help !

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mar 17 Sep 2013 - 22:45

Mr Green. Alors autant je ne sais pas ce que regroupe la biologie que soit (pour n'en avoir pas vraiment fait et n'avoir jamais eu de cours de chimie, physique ou autre science) mais j'ai bien compris le sens de locus, gène, allèle etc.
Après, je ne sais pas si c'est un sujet "biologie" Razz

Alors, oui, je sais que les lettre sont juste un moyens de reconnaître les allèles et les locus (enfin, loci, c'est juste, c'est un pluriel particulier :Pj'avais oublié) et je sais que dans un locus il n'y a que deux allèles Wink
Mais dans le locus A, comme il ne peut y avoir que deux allèles, une souris Ay/a et l'autre A/ae ne feront qu'une souris Ay/A (Autant dire Ay/-, du moins j'imagine), c'est ça que j'appelle "conflit"... La nature fait un "choix" d'allèle pour n'en prendre que deux sur quatre... Wink
Je sais pas si je suis claire Hehe... 

Du coup, je connais les loci couleurs (A, B, C, D...) mais dès qu'il s'agit de marquage et de poil, j'ai plus de mal à comprendre où se mettent les gènes et lesquels sont dans le même locus...
En gros, les marquages ont chacun leur propre locus même si les lettres sont identiques ?
Par exemple, pour la couleur leur locus A peut contenir les allèles A, a, ae, at etc., le locus B pourra contenir l'allèle B, b, bc, le locus C, le C, c, ce, cch etc. donc je me demandais s'il en était de même pour les marquages et les poils, tel que Rw et Re... Est-ce que l'allèle Re peut faire disparaître un marquage Rw ou est-ce que là, on ne réfléchit plus comme pour les couleurs et le gène rex n'utilise pas le même locus que le marquage rumpwhite ?

Après, je sais aussi qu'il en existe trop pour tous les connaître et les répertorier ^^ mais avec ceux connus, je me demandais juste si les gènes de marquages et de poils connus étais "répertoriés" comme les gènes couleurs... Very Happy

On sait, par exemple, que l'allèle Ay domine généralement les autres allèles, est-ce pareil pour les marquages ? Si oui, lesquels dominent les autres... Etc.
Si vous ne souhaitez pas faire tout un rapport ici, est-ce que dans le livre de génétique de l'AFRMA on y trouve ces infos ?

Hehe...


EDIT : J'ai l'impression que sur le site que tu as mis en lien, il faut savoir ce qu'on cherche et qu'on ne peut pas simplement "lire" les informations... Confus 

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Dawww le Mar 17 Sep 2013 - 22:59

Faut que je te donne un autre site, la version numérique d'un livre.

Je m'attaque à ton poste demain, sinon je vais encore répondre à côté de la plaque !

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mar 17 Sep 2013 - 23:07

Hehe... Non mais c'est pas toi, je conçois tout à fait que je ne sois pas très très clair, j'utilise pas le bon vocabulaire pour me faire comprendre, donc ça n'aide pas...
En plus, comme je connais très mal le sujet abordé, c'est la cata !! xD
En fait, c'est justement parce que je ne sais pas quel vocabulaire utiliser pour parler de ce que je cherche que je ne trouve pas d'info de moi-même Embarassed 
Sinon, j'aurais cherché la réponse sur Google depuis longtemps...... Embarassed 


Merci beaucoup de (t'arracher les cheveux ?) prendre le temps de m'expliquer.... Hehe... Embarassed Cool ! 

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Lee le Mer 18 Sep 2013 - 9:43

Les couleurs, marquages, poils,... fonctionnent pareil. Le poil est soit lisse, soit angora, ensuite rex ou non rex (et il peut etre et rex et lisse, ou rex et angora, donc ce sont bien des loci différents), etc. Les marquages sont un peu différents car  il s'agit souvent du gène S qui est modifié par des modifiants, et selon les modifiants, on obtient un truc "pie" (c'est à dire du broken raté), broken, even, etc. Dans les marquages, le S est pour "spotted" en fait. Il y a également un gène de marquage de la tete qui intervient, si mes souvenirs sont bons, mais qu'on "inclut" dans le marquage puisqu'il est super dominant et se transmettra toujours de paire avec. (Banzaii corrige moi si je me trompe, j'ai parfois tendance à mixer la génétique du rat et de la souris). Après il me semble que le banded c'est un gène (donc un locus aussi) à part. 

Quant aux conflits dont tu parles, ce ne sont pas des conflits à proprement parler, juste une histoire de dominance. Sur le locus A, le gène le plus dominant est le Ay, et il me semble que le plus récessif est le a(e). Donc le dominant l'emporte sur le moins dominant, qui l'emporte sur le "moins" récessif, etc. Là aussi, ce qu'on a répertorié comme les "autres" gènes du A ce sont des modifiants, qui ont été travaillés et stabilisés il me semble. Malheureusement il existe de nombreux modifiants qu'on ne connait pas, ou pas bien. 

Etudier les loci, ça sert surtout quand tu fais certaines couleurs, que je ne connais pas du tout en souris, certains gènes sont situés tellement proches l'un de l'autres qu'ils se transmettent 90% du temps ensemble. Il y a des cas connus chez les hamsters syriens, où tu regardes par exemple si tu ne veux pas telle couleur dans ta lignée, il faut à tout prix éviter de l'avoir ne fut-ce qu'une fois, car elle risque de se transmettre à chaque génération, malgré les efforts pour s'en débarrasser. Ca fonctionne aussi pour les couleurs "super dominantes" comme le crème chez les hamsters syriens (désolée je ne connais pas assez la géné souris pour savoir s'il y a un équivalent) qui est récessive, mais dominante sur presque tout et qui cache souvent la couleur d'origine (il agit presque comme l'albinos, même si pas tout à fait).
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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Dawww le Mer 18 Sep 2013 - 10:11

Ton exemple marche pour l'argente crème chez les souris, il faut un crossing over pour obtenir une souris cch/cch p/p et tant que tu l'as pas obtenu c'est la galère, quand tu l'as, tu l'as.
J'arrive pas à me débarrasser de l'albinos dans ma lignée et au lieu d'en avoir 25%, j'en ai toujours 75%...

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par _Banzaii. le Mer 18 Sep 2013 - 11:31

Dans le début du sujet, je pensais également que tu n'avais pas compris concrètement ce qu'était un locus, mais effectivement, je pense que tu avais juste un peu de mal à t'expliquer puisque dans la suite du message, tes explications me semblent bien plus cohérentes. Wink

Quoi qu'il en soit, je suppose que tu as presque réponse à toutes tes questions.

Le locus, si on l'image, est un tiroir sur un chromosome, dans lequel on y place un gène. Mais un gène peut exister en différentes versions, que l'on nomme des allèles, et qui se placeront exactement au même endroit. Tout allèle à un locus qui lui est définit, sachant qu'un locus ne peut contenir qu'un gène.
En gros, tous les gènes dont les loci diffèrent entre eux s'expriment.

Pour en revenir plus spécifiquement à tes interrogations, les gènes de marquages, de couleur et de types de poils fonctionnent exactement de la même façon : la présence de certains gènes peuvent impacter sur l'expression phénotypique d'autres gènes. Par exemple, une souris nue (hairless) présente deux allèles récessifs qui coderont pour l'absence de poil (mais plus justement, il coderont pour la perte du duvet chez une souris âgée de 3 semaines), mais elle peut très bien être génétiquement piebald (ss), rex (Re-), angora (gogo) et j'en passe, parce que ces gène sont tous sur des loci différents.

Au sujet de ce qu'ont expliqué Lee et Dawww, il existe effectivement des gènes dont les loci se retrouvent sur le même chromosome. Ainsi, les gamètes produites par la souris sont relativement similaires au niveau de ces gènes. Pour exemple, les gènes c et p, responsables de l'argente creme chez la souris, fonctionnent ainsi. Si tu souhaites obtenir un petit A- cchcch pp avec des parents qui ne le sont pas, il est possible qu'en reproduisant par exemple deux souris A- Ccch Pp, tu n'en obtiennent pas. L'explication est très simple : un des chromosome de la paire concernée va porter les allèles C et p et l'autre cch et P. Avec une telle configuration, on comprends bien qu'il est impossible d'obtenir de l'argente creme, sauf si le phénomène de crossing over se produit, chose qui est tellement rare qu'on ne compte généralement pas dessus.

Parenthèse refermée. Pour la suite de tes questions, il n'est pas possible de savoir combien de loci ont les souris puisque tous les gènes ne codent pas pour la variété et qu'au final, on sait que beaucoup de variétés existent génétiquement, mais qu'on a pas forcément eu l'occasion de voir phénotypiquement. Comme très souvent, on ne connait que les plus courants.

Bon, je ne sais pas si j'ai répondu à toutes les interrogations, mais je suppose que cette réponse aide un peu.. Wink

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par _miss__puce_ le Mer 18 Sep 2013 - 11:46

c'est pour les 'miaou' mais moi j'aime bien ces explication la ( c'est avec ça que j'ai commencer a comprendre ) 
http://www.feligene.com/introduction.php

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mer 18 Sep 2013 - 12:26

drunken hihihi... !


Merci pour toutes ces explications, il y a certaines petites choses que je ne connaissais pas mais dans les grandes lignes, je savais déjà Hehe... Razz



Je vais commencer mon explication autrement.... Sourire. 

Mon copain est programmeur et je lui ai demandé si, pendant les deux ans où je mettrai en place mon élevage (peut-être moins, croisons les doigts), il acceptait de me créer un "petit" logiciel genre "Mousery Database" mais en français, pas forcément en ligne sur le net et tel que je le souhaite. Il a accepté, évidemment, diable mais en demandant ce dont j'avais besoin comme info, il a tiqué en entendant que je voulais aussi, si possible, pouvoir "calculer les probabilités génétiques"... M'enfin, surtout quand je lui ai dit que non seulement il y avait des allèles dominantes et récessives, mais plus encore quand je lui ai dit que certaines allèles étaient super dominante (tel que Ay sur les autres allèles du locus A...).
Il a compris que ce ne serait pas si simple à programmer...

Du coup, j'ai souhaiter l'aider dans le travail en tentant de connaître quel allèle domine laquelle...

Comme je disais, sur un site j'ai trouvé pour les couleurs (NAC's Story), les loci A, B, C, D, E, Ln, P, Si...
Et l'information que je souhaitais c'était, par locus connu, la "chaine de dominance" tel qu'elle est proposée sur ce site...
Par exemple, pour le locus A :
Chaîne de dominance :
Ay > Avy > Aw > A > at > am > a > ae
Locus B :
Chaîne de dominance :
B > bc > b
Locus C :
Chaîne de dominance :
C > ci > cch > ce > cm > ch > c

Etc.

Je me demandais s'il y avait un site ou un livre (même en anglais) qui listait ces chaines de dominance, pour les souris, si elles étaient connues...
Pour les marquages et les poils aussi...

Et est-ce qu'on sait à quel point une allèle super dominante domine les autres ?
Par exemple, moi qui voudrais créer des crèmes (Ay/* cch/cch) avec des red (Ay/*) et des silver agouti (A/* cch/cch), est-ce que l'Ay dominera tous les A ?
Ou seulement à 75% ou 50% ou est-ce une information aléatoire qu'on ne peut définir précisément ou est-elle inconnue ?

(après, je n'ai pas bien compris certaines allèles... Comme l'allèle si (silver) que je ne retrouve sur aucune souris... mais c'est un autre problème...)


Voilà j'espère que ma question est plus précise ! pfff

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Dawww le Mer 18 Sep 2013 - 12:33

Mon copain a crée un logiciel de gestion d'élevage en français disponible pour les membres de l'A.F.A.R. (je sais pas d'ailleurs si d'autres l'utilisent encore).
Il permet d'entrer les génotype mais ne fait pas la calcul des probabilité car honnêtement ça sert pas vraiment à grand chose quand on élève.
Regarde les postes de portées, les éleveurs mettent une idée global de ce qu'ils vont avoir, ça suffit amplement (enfin je trouve).

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par _Banzaii. le Mer 18 Sep 2013 - 12:40

Le logiciel dont tu parles existe déjà pour les membres de l'A.F.A.R. et a été développé par le compagnon de Dawww, donc tu éviteras peut-être à ton ami de "perdre" du temps à en développer un second très similaire. Wink

Les dominances entre allèles peuvent se trouver dans le livre de génétique de l'AFRMA, ceci dit.

Mais comme l'a précisé Dawww, les calculs de probabilités ne sont en effet pas nécessaire parce que la plupart du temps, tu ne connais pas tous les gènes pris en compte dans le croisement, ce qui te mène alors à plusieurs possibilités.
Au final, il est bien plus simple de donner les couleurs de base possible, sans entrer dans les détails, parce que tu te rendras bien vite compte qu'il y a toujours des surprises ! Wink

Concernant ta question, disons que tout dépends de la qualité du gène considéré. Mais globalement, une souris AyA restera toujours red physiquement, mais peut présenter une variabilité de couleur très importante.

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mer 18 Sep 2013 - 12:55

Disons que je cherchais surtout à parfaire mes futures lignées en pouvant mettre à jour leur génome quand une allèle portée qui n'était pas connue jusque là, se déclare sur un petit.
C'est aussi pour me permettre, à moi, de "parfaitement" (tout est relatif) connaître le génome de mes futures souris...

Sinon, un carré de Punnett par locus et les prévisions par locus sont trouvées...
Mais là encore, même avec un carré de Punnett, quand on ne connait pas les allèles les plus dominant par locus, c'est difficile à dire... Confus 
Pour revenir sur mon exemple de souris crème, avec les parents red et silver agouti...
Si je tente de prévoir avec un carré, j'aurai du 50% A et 50% Ay, alors que comme l'Ay est dominant sur le A, il est plus probable que j'ai 75% d'Ay et 25% de A...
Non ?

Pour le programme de l'ami de Dawww, il faudrait voir, je ne suis pas encore membre de l'A.F.A.R. Razz
Et puis ça n'embête pas mon ami, il adore son boulot Mr Green.
A voir Wink

Je vais déjà commander le livre de l'AFRMA, et je verrai ce que j'y trouve Very Happy
Merci beaucoup ! Wink

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par _Banzaii. le Mer 18 Sep 2013 - 13:11

Isk a écrit:Pour revenir sur mon exemple de souris crème, avec les parents red et silver agouti...
Si je tente de prévoir avec un carré, j'aurai du 50% A et 50% Ay, alors que comme l'Ay est dominant sur le A, il est plus probable que j'ai 75% d'Ay et 25% de A...
Non ?
Ah non, ça ne fonctionne pas comme ça. Si tu croises par exemple deux souris AyA et AA, tu auras toujours 50% de base letal yellow et 50% de base agouti.
La dominance s'effectue entre les allèles et non au niveau de la "prise du pourcentage" par allèle. Wink

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mer 18 Sep 2013 - 14:48

Ah d'accord Very Happy mais alors, sur quoi se base-t-on pour dire que l'Ay est dominant sur l'A ? scratch 

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par _Banzaii. le Mer 18 Sep 2013 - 14:53

Le phénotype qui ressort d'une association AyA, soit du red en absence de dilution. Wink

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mer 18 Sep 2013 - 14:57

Ah simplement ! Hehe... bah voui... Sourire.  Merci beaucoup !

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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par aquila le Mer 18 Sep 2013 - 16:31

Il faudrait que tu ailles lire entièrement le topic "la génétique pour les nuls" car beaucoup de questions de ce genre ont été posées dessus (et notamment, me concernant, sur le fonctionnement du carré de Punnett) et j'en passe Smile

ça devrait t'aider pas mal dans le fonctionnement de tout ça et surtout la signification des termes etc
Et ici : Lien
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Re: Combien de locus et quelles lettres attribuées ?

Message par Isk le Mer 18 Sep 2013 - 16:51

J'avais commencé à lire ce post, mais j'avoue ne pas avoir terminé les 32 ou 33 pages du post Razz
L'autre site, je le connais, c'est justement celui-ci que je cite plus haut, sur lequel j'ai trouvé certaines infos Wink Il est vraiment super ! Very Happy

Merci !!
Je vais me replonger dans la lecture de "la génétique pour les nuls" Razz

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